派遣社員の年末調整はどこでやる？確定申告が必要なケースと2025年の変更点を解説

年末が近づくと、派遣会社から書類が届くのか、それとも自分で税務署に行くのか、判断に迷う方は少なくありません。結論から言えば、派遣社員の年末調整は、登録している派遣会社（派遣元）が担当します。手続きの流れ・確定申告が必要なケース・2025年（令和7年分）の制度改正まで順に整理することで、初めての年末調整でも迷わず対応しやすくなります。

派遣社員の年末調整は「派遣会社」がやる

派遣で働き始めて最初の冬を迎えると、多くの方が戸惑うのが「年末調整って自分でやるの？派遣先？それとも派遣会社？」という疑問です。派遣には派遣元（雇用契約を結んでいる派遣会社）と派遣先（実際に働く工場やオフィス）の二つの会社が関わるため、混乱が生まれやすい仕組みになっています。ここでは、なぜ派遣会社が担当するのかという根拠から、年末調整と確定申告の違い、そして実際の手続きの流れまでを順に整理していきます。

厚生労働省の労働者派遣事業報告によると、令和5年度の派遣労働者数は約192万人にのぼり、毎年多くの人が同じ疑問にぶつかっているのが実情です。

｜ なぜ派遣先ではなく派遣会社が担当するのか

年末調整は、給与を支払っている会社が従業員に代わって所得税を精算する手続きです。派遣社員の場合、給与を払っているのは派遣先の工場や企業ではなく、雇用契約を結んでいる派遣元（派遣会社）です。源泉徴収票を発行する義務も、派遣元側にあります。つまり、現場で指示を出す派遣先の上司に「年末調整の書類はどこに出せばいいですか」と聞いても、正しい答えは返ってこないのが普通です。書類のやり取りは、登録している派遣会社の管理部門や担当コーディネーターを窓口にする流れになります。

｜ 年末調整と確定申告の違い

年末調整と確定申告は、どちらも所得税を正しく精算するための手続きですが、誰が行うかが大きく違います。年末調整は会社（派遣社員の場合は派遣元）が代わりに計算・申告してくれる仕組みで、対象者は11月〜12月に必要書類を提出するだけで完結します。一方、確定申告は自分で税務署に申告する手続きで、毎年2月16日〜3月15日が原則的な期間です。派遣社員の多くは年末調整だけで完了しますが、副業がある人や年の途中で退職した人など、一部のケースでは自分での確定申告が必要になります。

制度の詳細や最新の様式は、国税庁の年末調整特設ページ
で公開されています。書類の書き方に迷ったときは、まず一次情報を確認するのが安心です。

｜ 派遣社員の年末調整、手続きの流れ（4ステップ）

派遣社員の年末調整は、おおむね次の4ステップで進みます。流れを把握しておくと、書類が届いたときに慌てずに対応できます。

ポイントは、提出期限を1日でも過ぎると年末調整に間に合わず、自分で確定申告に切り替える必要が出てくる点です。10月後半から控除証明書のハガキがポストに届き始めるので、紛失しないように一つの封筒にまとめて保管しておくと、12月の手続きが格段にラクになります。

　
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確定申告が必要になるケース（5パターン）

派遣社員でも、状況によっては年末調整だけでは精算が完了せず、自分で確定申告をする必要が出てきます。ここでは、特に派遣スタッフが該当しやすい5つのパターンを整理します。当てはまるかどうか、自分の働き方と照らし合わせながら確認していくと判断しやすくなります。なお、確定申告の期間は原則として翌年2月16日〜3月15日で、この期間に申告すれば追加の納税や還付が完了します。

｜ ケース1：12月31日時点で派遣会社と雇用関係がない場合

年末調整は、12月31日時点で雇用関係がある人を対象に、その年の最後の給与で精算する手続きです。たとえば11月末で派遣契約が終了し、12月は無職という場合や、12月に給与の支払いがない場合は、年末調整の対象外となります。工場・製造業の派遣では3か月単位の短期案件も多く、この状況に当てはまる方は珍しくありません。この場合は、退職時に派遣会社から発行される源泉徴収票を保管しておき、翌年2月以降に自分で確定申告を行う流れになります。

｜ ケース2：2社以上の派遣会社で掛け持ち・Wワークをしている場合

複数の派遣会社に登録して同時期に働いている場合、年末調整ができるのは1社だけです。原則として、最も給与の多い「主たる勤務先」で年末調整を受け、残りの会社の収入は確定申告で合算して申告する流れになります。「扶養控除等申告書」は1社にしか提出できない書類なので、2社目以降では給与から差し引かれる所得税が高めの税率（乙欄）で計算されています。確定申告で正しく合算すれば、払いすぎた分が還付される可能性が高いため、面倒でも申告するメリットは大きい手続きです。

｜ ケース3：副業・フリーランス収入が年間20万円を超える場合

派遣の仕事に加えて、フリマアプリでの転売や在宅ワーク、Uber配達など給与以外の所得が年間20万円を超える場合は、確定申告が必要になります。20万円以下であれば所得税の確定申告は不要ですが、住民税の申告は別途必要なため、お住まいの市区町村役場で手続きが求められる点に注意が必要です。副業収入の経費（仕入れ代・通信費の按分など）を正しく差し引けば、思ったより税金がかからないケースも多くあります。

｜ ケース4：医療費控除・住宅ローン控除（初年度）・ふるさと納税がある場合

医療費控除や住宅ローン控除（初年度）、ふるさと納税（6自治体以上または医療費控除と併用する場合）は、年末調整では申告できないため、確定申告で対応します。

「医療費10万円超」というと高額に思えますが、家族全員分の通院・入院費・処方薬代・通院交通費を合算できます。月の手取りが約18万円前後の方でも、家族の分を合わせると意外と達することがあるため、家計簿アプリや領収書をまとめて確認してみる価値があります。

｜ ケース5：確定申告をしないとどうなる？

確定申告が必要なのにしなかった場合、追加で納税が発生するケースでは「無申告加算税」として、納付すべき税額のうち50万円までは15%、50万円を超える部分は20%が上乗せされます。さらに納付が遅れた期間に応じて延滞税（2か月以内は年7.3%、それ以降は年14.6%）も発生します。一方、還付申告（払いすぎた税金が戻ってくる申告）の場合は、5年以内ならいつでも申請可能です。「去年の医療費控除を申告し忘れた」という方も、まだ間に合う可能性があります。

　
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派遣会社を変えた場合・年の途中の転職はどうする？

派遣の働き方では、契約期間ごとに派遣会社が変わったり、より条件の良い案件を求めて登録先を変えたりすることがよくあります。年の途中で派遣会社を変えた場合の年末調整は、少しコツが必要です。前職の所得を含めて精算しないと、税金が正しく計算されないため、源泉徴収票の扱いがカギになります。ここでは、年の途中で派遣会社を変えた場合の手続き方法、源泉徴収票を受け取る手順、そして複数社の収入を一括で処理する方法を順に紹介していきます。

｜ 年の途中で派遣会社を変えたケース

たとえば1月〜6月はA派遣会社で働き、7月以降はB派遣会社で働き始めたとします。この場合、12月時点で雇用関係があるのはB社なので、年末調整はB社で行います。ただし、B社の年末調整に含めるのはA社の給与も含めた1年分の所得である必要があるため、A社から発行された源泉徴収票をB社に提出するのが基本の流れです。源泉徴収票を提出すれば、B社が前職分も合算して年末調整を行ってくれるので、確定申告は不要になります。逆に提出を忘れると、B社の給与分しか精算されず、後から自分で確定申告して合算する手間が発生します。

｜ 源泉徴収票の受け取り方・発行依頼の手順

源泉徴収票は、退職時または年末（最終支払い後）に派遣会社から自動的に発行されるのが一般的です。法律上、退職後1か月以内、もしくは翌年1月31日までに発行することが義務付けられています。もし届かない場合や紛失してしまった場合は、登録していた派遣会社のマイページや担当者に連絡すれば再発行が可能です。多くの派遣会社では過去7年分まで遡って発行に対応しています。「前の派遣会社にもう連絡したくない」という気まずさを感じる方もいますが、源泉徴収票の発行は法的義務なので、遠慮なく依頼して問題ありません。

｜ 重複期間がなければ全ての源泉徴収票をまとめて提出できる

同じ年の中で2社以上の派遣会社で働いていた場合でも、勤務期間が重複していなければ、全ての源泉徴収票を現在の派遣会社にまとめて提出することで、一括して年末調整が可能です。たとえば「A社で1〜3月勤務→B社で5〜8月勤務→C社で10月〜現在」というケースでも、A社・B社の源泉徴収票をC社に提出すれば、C社で全部まとめて精算してくれます。ただし、複数社で同時期に働いていた重複期間がある場合は、メイン以外の収入は確定申告で別途申告する必要が出てきます。

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2025年（令和7年分）の年末調整で変わったポイント

2025年（令和7年分）の年末調整は、税制改正により大きく変わった項目があります。特に扶養範囲内で働く派遣スタッフや、大学生の子どもがいる家庭にとっては、知っておくと家計に直結するポイントです。改正の中心は「基礎控除」と「扶養親族の所得要件」の引き上げで、働き方の選択肢が広がる方向で変わっています。ここでは派遣社員の暮らしに直結する3つの変更点を、具体的な数字と一緒に紹介していきます。

｜ 「103万円の壁」が「123万円」に変わった

これまで「年収103万円を超えると親や配偶者の扶養から外れてしまう」と言われてきた、いわゆる103万円の壁が、2025年から「123万円」に引き上げられました。背景には、扶養親族の所得要件が48万円以下から58万円以下に拡大されたことがあります。給与所得控除の最低保障額も55万円から65万円に上がったため、年収123万円までは扶養に入ったまま働ける計算になります。「子どもが小学校に上がってもう少し働きたい」「夏休みのシフトを増やしたい」と考えていた方にとっては、20万円分の上乗せ余地が生まれた形です。月に換算すると約1.7万円分、働ける幅が広がる計算になります。

改正の詳細は
国税庁「令和7年度税制改正による基礎控除の見直し等について」
に掲載されています。

｜ 基礎控除と給与所得控除が引き上げられた

基礎控除は、すべての納税者から所得を差し引くことができる控除で、2025年改正により48万円から最低でも58万円に引き上げられました（合計所得132万円以下の場合は最大95万円まで）。あわせて給与所得控除の最低保障額も55万円から65万円に上がっています。実務的な影響としては、同じ年収でも納める所得税・住民税が前年より少し軽くなるケースが多く、12月〜翌年1月の還付金が前年より増える可能性があります。「去年と同じ働き方をしているのに、なぜか還付が増えた」と感じたら、この改正の効果が出ている可能性があります。

｜ 新設された「特定親族特別控除」とは

2025年から新設されたのが「特定親族特別控除」です。19〜23歳の親族（多くは大学生の子ども）の所得が58万円超123万円以下の場合に、最高63万円を控除できる仕組みです。これまでは、大学生の子どもがアルバイトで103万円を少しでも超えると、親の扶養控除（最大63万円）が一気にゼロになる「壁」がありました。改正後は、子どもの所得が増えても段階的に控除額が減る形になり、親世代も子世代も働き方を調整しやすくなりました。大学生の子どもがいる派遣スタッフの方は、年末調整の書類で「特定親族特別控除申告書」の有無を必ず確認しておくと安心です。

派遣の年末調整でよくある疑問Q&A

ここからは、初めて派遣の年末調整を経験する方や、状況がイレギュラーな方からよく寄せられる疑問を、Q&A形式で整理していきます。「こんな基本的なこと、今さら聞けない…」と感じる内容も含めて、現場でよくある質問を中心にまとめました。自分のケースに近いものがあれば、参考にしてみてください。

｜ Q1：扶養範囲内（123万円以下）でも年末調整の書類提出は必要？

必要です。「扶養控除等申告書」は、所得の多少にかかわらず、雇用関係がある全員が提出する書類です。提出しないと、給与から差し引かれる所得税が高めの税率（乙欄）で計算されてしまい、結果的に手取りが減ってしまいます。「収入が少ないから関係ない」と思って未提出のままにすると、本来戻ってくるはずだった還付金を受け取れないこともあるため、扶養範囲内で働く方こそ忘れずに提出するのが大切です。

｜ Q2：書類（控除証明書）をなくしてしまったら？

生命保険料控除証明書や地震保険料控除証明書は、保険会社に連絡すれば再発行してもらえます。電話一本やWEBから依頼可能で、おおむね1週間程度で届きます。iDeCoの掛金払込証明書は、運営管理機関（証券会社・銀行など）に依頼します。10月以降に届く控除証明書は、まとめて一つの封筒やクリアファイルに保管しておくと、12月の慌ただしい時期に探し回らずに済みます。

｜ Q3：工場の短期派遣が終わった直後に年末を迎えた。どうすればいい？

12月31日時点で派遣会社との雇用関係がない場合は、年末調整の対象外となるため、自分で確定申告を行います。派遣会社から退職時に発行される源泉徴収票を保管しておき、翌年2月16日〜3月15日の期間に最寄りの税務署またはe-Taxで申告します。e-Taxはスマホからでも申告でき、還付金は1〜2か月程度で指定口座に振り込まれます。短期派遣を年に何度も繰り返している方は、源泉徴収票が複数枚になるので、すべてまとめて申告します。

｜ Q4：iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛け金は年末調整で申告できる？

申告できます。iDeCoの掛金は全額が「小規模企業共済等掛金控除」の対象となるため、保険料控除申告書に記入して、運営管理機関から届く「小規模企業共済等掛金払込証明書」を添付して提出します。月1万円の掛金であれば年12万円が所得から差し引かれ、所得税・住民税の軽減につながります。給与天引きで掛金を支払っている場合は、すでに会社側で処理されているため申告不要のケースもあります。

派遣のお仕事探しで困ったことはコーディネーターに相談できる

年末調整や確定申告の手続きは、書類の種類や提出期限が多く、初めての方には分かりにくく感じる場面が少なくありません。特に「年の途中で前の派遣会社に源泉徴収票の発行を依頼するのが気が重い」「短期派遣を繰り返していて、どの会社で年末調整になるのか分からない」といった悩みは、派遣社員ならではのものです。こうした手続き面での不安は、登録している派遣会社の担当者に気軽に相談できる体制があると、ぐっと解決しやすくなります。

｜ 両面型コーディネーターなら就業条件も手続きも一括で相談できる

ワポティでは、企業側と派遣スタッフ側の双方を同じ担当者が対応する「両面型」のコーディネーター体制を採用しています。職場の実情を把握している担当者が窓口になるため、就業条件の調整だけでなく、年末調整の書類の出し方や、源泉徴収票の発行手順といった実務面の質問にも、一つの窓口でまとめて相談できます。「電話するほどでもないけど聞きたい」というレベルの疑問でも遠慮なく連絡できる関係性が、安心して長く働き続けるための土台になります。

｜ 全国12,000件以上の求人から働き方に合う仕事が探せる

ワポティでは約12,000件以上の求人を扱っており、扶養控除内で働ける案件や、Wワーク歓迎の短期案件、未経験から始められる工場・製造業の求人まで幅広くそろっています。2025年の税制改正で扶養範囲が123万円まで広がったことを機に、「もう少し働く時間を増やしたい」「シフトの自由度が高い職場に変えたい」と考え始めた方にも、選択肢の幅が広がる環境です。氏名・住所・電話番号だけで完了するカンタン登録なら、来社不要で手続きが完結するため、子育てや本業のスキマ時間にも気軽に始めやすくなっています。
派遣業界の規模感や働く人の数については、厚生労働省の労働者派遣事業報告で最新データが公開されています。

　
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